La morfometría geométrica de diferentes especies ofrece varias ventajas en la interpretación de la ecología y la evolución tanto de vertebrados como de invertebrados. El análisis multivariado de la forma en diferentes especies complementa y fortalece la morfometría tradicional basada en mediciones lineales utilizando estadísticas uni y bivariadas. La variación morfológica de las diferentes poblaciones de rotíferos recolectadas a partir de muestras de campo ha sido poco explorada; la morfometría geométrica podría producir información valiosa sobre el efecto de los diversos factores abióticos y bióticos a los que están constantemente expuestos en la naturaleza. El objetivo de este trabajo fue, por tanto, evaluar estadísticamente las variaciones de la forma de especies de rotíferos dominantes asociadas a 3 macrófitas (Myriophyllum aquaticum, Polygonum sp. y Eichhornia crassipes) presentes en el lago Xochimilco. Rotíferos, tanto planctónicos tal y como Brachionus quadridentatus, B. calyciflorus, Keratella cochlearis y no planctónicos como Lecane closterocerca, son dominantes en las regiones del lago Xochimilco con coberturas de macrofitas. Nuestros resultados mostraron la presencia de amplias variaciones morfológicas en el caso de Brachionus quadridentatus, principalmente en la forma de las espinas medias anteriores y las espinas postero laterales de la lorica. La forma en Lecane closterocera varió en menor medida. El tipo de macrófita y los cambios en las variables ambientales tuvieron una influencia significativa en la lorica de los rotíferos. Estos sugieren además que las perturbaciones naturales o antropogénicas en el medio ambiente también influyen en la morfología de los rotíferos.