Nayarit es uno de los estados de la república mexicana con pocos estudios sobre microalgas, aun cuando estas son la base de redes tróficas acuáticas y permiten identificar cambios en la calidad del agua. Debido a esto, se propuso conocer la diversidad alfa, beta y gamma de microalgas en seis cuerpos de agua epicontinentales. Durante 2019, en temporada de secas y lluvias, se colectaron muestras de origen planctónico y epilítico en tres ambientes lénticos y tres lóticos, adicionalmente, se tomaron datos de temperatura y conductividad. La identificación taxonómica se realizó mediante microscopía. Como indicador de beta diversidad se utilizó el índice de Jaccard y se midió el recambio de especies con el índice de Whittaker. La diversidad gamma fue de 262 especies con 124 especies compartidas entre sitios. Los filos principales fueron Bacillariophyta (41.22% de la riqueza), Chlorophyta (29.77%) y Cyanoprokaryota (13.56%). La diversidad alfa en temporada de secas (245) fue mayor que en lluvias (141). Entre temporadas y sitios la diversidad beta fue de 11, lo que sugiere un alto recambio de especies. En el índice de Jaccard se observaron agrupaciones entre ambientes y sitios, pero con baja similitud, esto explica el alto número de especies exclusivas por sitios y temporadas. En los ambientes lóticos la diversidad alfa fue mayor en ambas temporadas. En los sistemas lénticos, las microalgas estuvieron asociadas a mayor temperatura y conductividad, mientras que en los lóticos a menor temperatura y conductividad.