El zooplancton marino juega un papel clave en la transferencia de energía a lo largo de las redes tróficas pelágicas y en el secuestro de CO₂ atmosférico a través de la sedimentación de compuestos de carbono orgánico e inorgánico. Por lo tanto, estudios que documenten cambios estacionales e interanuales en su composición y su relación con variaciones climáticas resultan necesarios. Como contribución a este tema, este estudio analiza los grupos de zooplancton presentes en la Bahía de La Paz (BoP), Golfo de California, México, a partir de datos hidrográficos y muestras obtenidas en cruceros de investigación multidisciplinarios en los veranos de 2008 y 2009. Los resultados mostraron diferencias en los parámetros hidrográficos entre ambos veranos, con una temperatura más alta registrada en 2009. Los grupos de zooplancton mostraron que los copépodos calanoides fueron los más abundantes; sin embargo, hubo diferencias importantes en la abundancia relativa del resto de los grupos analizados como efecto de la distribución de la temperatura a lo largo del área de estudio, lo cual fue confirmado por métodos estadísticos multivariados. Estos cambios de temperatura se asociaron con un aumento del zooplancton gelatinoso (Cnidaria, Chaetognatha, Appendicularia y Ctenophora) en 2009 en una región donde la temperatura fue más alta, posiblemente como resultado de cambios en la disponibilidad de alimento (fitoplancton). Los resutlados obtenidos contribuyen al entendimiento de la dinámica de la BoP, una región caracterizada por su elevada biodiversidad.